Teşvik belgesinde kayıtlı olan değerler nihai değerler olmayıp, yatırımın her aşamasında tevsik edilen bilgi ve belgelere istinaden yapılacak değerlendirme sonucunda teşvik belgesini düzenleyen merci tarafından değişiklik yapılabilir.  Teşvik belgesinin sabit yatırım tutarında %50′nin üzerinde artış veya azalışlarda yatırımcılar, teşvik belgesini düzenleyen mercie müracaat ederek, teşvik belgesinin revizesi talebinde bulunabilirler.  Yatırıma başlama tarihinden sonra temin edilen, ancak makine teçhizat listelerinde yer almayan makine ve teçhizatın proje ile uyumlu olanları, talep edilmesi halinde teşvik belgesi kapsamına dahil edilir.

Yatırım konusu değişikliği : Yatırım konusu değişikliği talepleri için teşvik belgesi müracaatını değerlendiren mercie müracaat edilir.  Yatırımcı tarafından yeni yatırıma ilişkin olarak verilecek yatırım bilgi formuna istinaden yürürlükteki mevzuat hükümleri çerçevesinde bölgesel ve sektörel kısıtlamalar da dikkate alınarak, teşvik belgesi üzerinde yatırım konusuna ilişkin gerekli değişiklik yapılabilir. Değişikliğin ilgili sanayi odası tarafından yapılabilmesi için Müsteşarlığın uygun görüşünün alınması gerekir. Yatırım konusu değişikliğinden önce satın alınmış ancak, yeni yatırım konusu ile ilgili olmayan makine ve teçhizat harcamalarına uygulanan destek unsurları ilgili mevzuatı çerçevesinde geri alınır.

Yatırımların nakli: Büyük ölçekli yatırımlar ile bölgesel uygulama kapsamında gerçekleştirilen yatırımların, 12 nci maddede belirtilen işletmeye geçiş tarihinden itibaren asgarî beş yıl süre ile bulunduğu bölgede faaliyette bulunması gerekir. Ancak, Müsteşarlıktan izin alınması ve yatırım konusunun taşınılacak bölgede desteklenecek konular arasında yer alması kaydıyla diğer bölgelere taşınılabilir. Sosyo-ekonomik gelişmişlik seviyesi daha yüksek bölgelere veya ilgili yatırım konusunun desteklenmediği bölgelere taşınmalarda, fazladan yararlanılan destekler ilgili mevzuatı çerçevesinde geri alınır. İşletmeye geçiş tarihinden itibaren beş yıllık süre ile bulunduğu bölgede faaliyette bulunan yatırımların diğer bölgelere taşınması serbesttir. Ancak bu durumda, varsa taşınma tarihinden itibaren bakiye yatırıma katkı tutarı için indirimli kurumlar vergisi veya gelir vergisi uygulaması yapılmaz.  Beş yıllık süreyi doldurmuş ancak tamamlama vizesi yaptırılmamış yatırımlar için, taşınma öncesinde Müsteşarlığa müracaat edilerek tamamlama vizelerinin yaptırılması gerekir. Bu tür yatırımlara taşınma sonrasında da yer değişikliği izni verilebilir. Ayrıca, genel teşvik sisteminden yararlanan yatırımların yer değişikliği talepleri, yatırım dönemi de dâhil olmak üzere Müsteşarlıkça değerlendirilerek proje bazında sonuçlandırılır.